农村土地仲裁机构在农村土地承包仲裁委员会，县级农业局下属的农业经营管理站。
因为按照规定，单位之间的争议，由县级以上处理，个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。协商不成的，需要仲裁的，可以到当地仲裁委员会申请仲裁，也可以由处理。
土地仲裁的条件：
1、申请人与纠纷有直接的利害关系；
2、有明确的被申请人；
3、有具体的仲裁请求和事实、理由；
4、属于农村土地承包仲裁委员会的受理范围；
5、当事人申请仲裁，应当向纠纷涉及的土地所在地的农村土地承包仲裁委员会递交仲裁申请书。仲裁申请书可以邮寄或者委托他人代交。
农村土地仲裁的手续：
1、当事人申请仲裁，应当向纠纷涉及土地所在地的仲裁委员会递交仲裁申请书。
申请书可以邮寄或者委托他人代交。
2、书面申请有困难的，可以口头申请，由仲裁委员会记入笔录，经申请人核实后由其签名、盖章或者按指印。
3、仲裁委员会收到仲裁申请材料，应当出具回执。
回执应当载明接收材料的名称和份数、接收日期等，并加盖仲裁委员会印章。
综上所述，农村土地仲裁机构在农村土地承包仲裁委员会，县级农业局下属的农业经营管理站。因为按照规定，单位之间的争议，由县级以上处理，个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。协商不成的，需要仲裁的，可以到当地仲裁委员会申请仲裁，也可以由处理。
【法律依据】：
《中华人民共和国仲裁法》第二十一条
当事人申请仲裁应当符合下列条件：
（一）有仲裁协议；
（二）有具体的仲裁请求和事实、理由；
（三）属于仲裁委员会的受理范围。
第二十二条
当事人申请仲裁，应当向仲裁委员会递交仲裁协议、仲裁申请书及副本。